Intersect dataframe on multiple columns
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我有两个数据帧：
日期：1900 OBS，共9个变量
1 2 3 4 5 6 | V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 1 V_P50P50_Q3 chr12 106642383 106642395 + 18.1425 4.03e-08 0.0515 GGGGGACTCCCCC 2 V_P50RELAP65_Q5_01 chr8 142276666 142276677 - 16.6429 2.51e-07 0.2780 GGGATTTCCCAC 3 V_RELA_Q6 chr22 51020067 51020078 - 15.9395 2.71e-07 0.3350 GGGAATTTCCCC 4 V_NFKB_Q6_01 chr14 98601454 98601469 + 17.0684 3.08e-07 0.236 GGAGTGGAAATTCC 5 V_CREL_Q6 chr22 51020068 51020079 - 16.1165 3.19e-07 0.4050 AGGGAATTTCCC |
dat.markov:1486 obs，共9个变量
1 2 3 4 5 6 | V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 1 V_NFKB_Q6_01 chr14 98601454 98601469 + 17.2212 1.33e-07 0.146 GGAGTGGAAATTCCCT 2 V_P50P50_Q3 chr12 106642383 106642395 + 16.9358 1.57e-07 0.201 GGGGGACTCCCCC 3 V_CREL_Q6 chr22 51020068 51020079 - 16.0549 2.29e-07 0.292 AGGGAATTTCCC 4 V_NFKB_Q6_01 chr22 51020064 51020079 + 16.9906 2.32e-07 0.146 TTGGGGGAAATTCCCT 5 V_RELA_Q6 chr22 51020067 51020078 - 15.7496 3.42e-07 0.433 GGGAATTTCCCC |
我需要合并这两个数据帧，以便在这两个data.frames之间获得所有列v1、v2、v3和v4匹配的行。
我试过：
1 | y<-merge(dat,dat.markov,by=c("V1","V2","V3","V4")) |
它给了我一个合并的数据框架，但是有1513个OBS。但从技术上讲，观测的数量应等于或小于较小的数据帧，即1486 OBS。
合并后的data.frame在返回的列数方面看起来不错：
1 2 3 4 | V1 V2 V3 V4 V5.x V6.x V7.x V8.x V9.x V5.y 1 V_CREL_01 chr10 112778464 112778473 + 12.9434 1.94e-05 0.694 TGGGTTTTCC + V6.y V7.y V8.y V9.y 1 12.8838 2.35e-05 0.788 TGGGTTTTCC |
我知道你可以用一列来相交data.frames，但是有没有一种方法可以让你在多列上相交两个data.frames？
如果我理解的话，您希望列1、2、3、4在两个框架中完全匹配，以便保留它们？除了
1 2 3 4 | dat$combine = as.character(interaction(dat$V1, dat$V2, dat$V3, dat$V4)) dat.markov$combine = as.character(interaction(dat.markov$V1, dat.markov$V2, dat.markov$V3, dat.markov$V4)) dat.overlap = dat[complete.cases(match(dat.markov$combine, dat$combine)),] |