关于python：importError with scipy / sklearn：`/usr/lib/liblapack.so.3gf：undefined symbol：ATL_chemv`


ImportError with scipy/sklearn: `/usr/lib/liblapack.so.3gf: undefined symbol: ATL_chemv`

我的代码在Ubuntu 12.04中运行良好，但现在我有错误：

1
2
3
4
  from sklearn.metrics import accuracy_score   File"/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/sklearn/metrics/__init__.py", line 6, in
    from .metrics import (accuracy_score,   File"/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/sklearn/metrics/metrics.py", line 25, in
    from scipy.spatial.distance import hamming as sp_hamming   File"/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/scipy/spatial/__init__.py", line 91, in
    from .qhull import *  ImportError: /usr/lib/liblapack.so.3gf: undefined symbol: ATL_chemv

我不明白这个错误意味着什么，我该怎么办。

相关讨论

可以试试这个

1
sudo update-alternatives --set liblapack.so.3gf /usr/lib/lapack/liblapack.so.3gf
相关讨论

这是我对发生的事情的猜测：

  • 您在运行Ubuntu 12.04时安装的scikit-learn版本是针对旧版本的LAPACK构建的，由liblapack.so.3gf提供。

  • 当你(大概)将Ubuntu从12.04升级到你现在使用的任何版本时，LAPACK也升级到了更新的版本。在Ubuntu> = 13.04的版本中，python-numpy包的LAPACK依赖性由liblapack3，liblapack.so.3或libatlas3-base提供，而不是liblapack.so.3gf。

  • 现在scikit-learn尝试在运行时链接到较新版本，但由于旧版本和较新版本的LAPACK之间不兼容而失败。

    • 我建议你先尝试使用pip卸载并重新安装scikit-learn。希望scikit-learn将在新的LAPACK库中重建，从那时起一切都应该正常工作。

    如果这不起作用，我会尝试卸载任何当前安装的LAPACK库。这可能会迫使您也卸载numpy和scipy。然后我会安装liblapack3，以及libopenblas-base和libopenblas-dev(它提供了比标准BLAS库更快的替代方案)，然后重新安装numpy，scipy和scikit-learn。

    只需安装liblapack3即可解决问题：

    1
    apt-get install liblapack3