R: In RStudio how do I make knitr output to a different folder to avoid cluttering up my drive?
我正在使用 RStudio 的 knit HTMl 函数来输出一些演示文稿。但它总是将文件输出到我当前的工作目录。如何将其输出到另一个目录,以便我的目录干净,只有原始 .rmd 文件?
- 您需要使用 knit HTML 按钮吗?如果没有,你可以做 rmarkdown::render('my.Rmd', output_file = 'folder/my.html')
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另见:github.com/ropenscilabs/ezknitr
Rmarkdown 中提到的将输出文件定向到目录中的技巧对我有用。
示例:将以下内容添加到 YAML 前导作为顶级项,以将输出写入 pdf/ 子目录:
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| knit: (function(inputFile, encoding) {
rmarkdown::render(inputFile, encoding = encoding, output_dir ="pdf") }) |
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这会以任何方式改变工作目录吗?我刚刚在我的prolog中添加了一个类似的片段(指定 output_file),但是当我通过编织按钮编织文档时,不知何故不再找到某些对象。当我在prolog中注释掉新行时,一切正常。
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@stats-hb:我不知道,但是您可以使用包含显示 getwd() 的块的文档对其进行测试。
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这对我有用,它不会改变工作目录。谢谢。
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是的,这很完美。非常感谢!
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@stats-hb 似乎它使用了 Knitr 默认值,其中 knit 目录是 .rmd 所在的位置,即使您使用 knit 按钮旁边的下拉菜单更改了 knit 目录也是如此。我将 knit_root_dir = rprojroot::find_rstudio_root_file() 添加到 render 调用中,它可以将 knit 目录设置为项目目录
正如 Eric 在评论中指出的那样,如果您愿意放弃 Knit HTML 按钮的便利性(它会生成与您的 .Rmd 一起存在的 HTML 文件),您可以直接调用 rmarkdown::render。
然而,如果你真的需要自定义你的工作流程,你可以覆盖 Knit HTML 按钮来运行你通过 rstudio.markdownToHTML 选项运行的任何命令。此命令可以使用特定选项(例如输出目录)调用 rmarkdown 并执行其他预处理或后处理任务。此处的文档:
https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200552186-Customizing-Markdown-Rendering
请注意,设置 rstudio.markdownToHTML 选项将关闭 RStudio 中一些较新的 RMarkdown V2 集成功能,因为 RStudio 将不再能够推断正在使用什么引擎来呈现文档。
- 我仍在为此苦苦挣扎(试图让所有中间/结果文件转到 /output/,我很想使用 RStudio 按钮。你能提供一个 MWE 吗?不幸的是,上面的 rstudio 文档链接是付费墙或其他东西.
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链接现在失效了。
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这里是存档页面:web.archive.org/web/20150920182851/https://support.rstudio.c??om/...