我正在创建一个包含Web应用程序的网站。我现在正处于使用PhoneGap将Web应用程序转换为移动应用程序的阶段，但为此，我需要为每个以应用程序目录为根目录的应用程序创建一个分支。

如何创建以子目录作为根目录的分支？

分支机构不能这样工作。如果您想要为每个应用程序单独的源代码管理，您应该为每个应用程序创建一个单独的存储库。

如果这些子目录是一个更大项目的一部分，那么应该对它们进行版本控制，并且没有办法将它们分开，那么就使用git子模块。有一个git子树命令可以帮助您。但这是一个更困难的概念，需要一些关于Git的经验，因此如果可以，请使用单独的回购。