我安装了virtualenv并创建了一个名为env1的虚拟环境。

然后我通过运行"source bin/activate"来激活环境。我确信虚拟环境已被激活，因为命令提示已更改，反映了新环境。

然后在命令提示下，我运行了"pip install lpthw.web"。我本以为这个包会安装在env1目录的某个地方，但它却安装在/usr/local/lib/python2.6/dist-packages中。/

这是正确的行为吗？有人能指出我是否做错了什么吗？

检查您实际运行的PIP(which pip)，也可以尝试运行pip -E path-to-your-env install ...。