我试图比较字符串的格式：aaa-abc-lap-asz-ask；基本上是用破折号分隔的三个字母。

我试图找出两个任意长度的序列(从1到30个三联体)之间的共同三联体的最长序列。

例如，a a a-bbb-ccc-aaa-ddd-eee-bbb和bbb-aaa-ddd-eee-bbb，您可以找到5个序列(bbb-aaa-ddd-eee-bbb，即使第二个序列中不存在ccc)。

不应该考虑用破折号来比较；它们只是用来分隔三连音。

我使用的是python，但这只是一个通用的算法，应该可以做到：)

我认为您正在寻找最长的通用子序列算法，它可以非常快地找到这个序列(在O(n2)时间)。该算法基于一个简单的动态编程循环，并且有许多关于如何实现该算法的在线示例。

直观地说，该算法使用以下递归分解工作，通过查看每个序列的第一个三元组工作：

• 如果其中一个序列为空，则最长的公共子序列为空序列。
• 否则：
  • 如果每个序列的第一个三元组匹配，则lcs是该元素，后跟两个序列的余数的lcs。
  • 如果不是，则LCS是下列中较长的一个：第一个序列的LCS和除第二个序列的第一个元素以外的所有元素，或第二个序列的LCS和除第一个序列的第一个元素以外的所有元素。

希望这有帮助！

生物信息学中常用的序列对齐算法可以在这里使用。它们主要用于对齐一个字符序列，但可以修改为接受n个字符序列。Needeman-Wunsch算法是一种相当有效的算法。

首先，您至少可以通过计算集合对称差来减少问题，以消除两个序列中没有出现的任何三元组。

对于最长的子序列，该算法使用动态规划方法。对于每个三联体，找出长度为2的最短子串。循环这些对，尝试通过组合这些对来扩展它们。一直延伸，直到每个三联体都有最长的延伸。选择其中最长的：