我个人做了很多工作，因此我将第一次在备忘录上写它作为备忘录。
自从我开始使用Blender到现在已经有3周了。
我想像这样制作一个很酷的图像
(图像引用自链接)http://dmnfarrell.github.io/bioinformatics/proteins-blender
环境
- Windows10 64位
- 内存8GB，无须抓
要做的事情
- Anaconda的安装
- 安装Pymol
- blender安装
- 从PDB下载所需的蛋白质模型
- 用Pymol预处理并导出为wrl文件
- 使用Blender进行冷加工
安装您需要的
单击此处获取Anaconda和Pymol
https://qiita.com/tonets/items/1927058e4297fc1c060d
如果不检查Pymol的版本(例如cp36m)，则在安装过程中将发生错误。
https://qiita.com/hnishi/items/5e5e1fd4902fbe809e73
我的公司Windows 10不能安装Anaconda(干净的OS无法正常工作)
我继续将Ubuntu放入VirtualBox的功能。
由于我可以在家中的Win机器上完成此操作，所以没有任何问题，因此以下内容不仅限于ubuntu环境。
使用Blender版本陷入陷阱
Blender是可以免费使用的高性能3D建模软件。
https://www.blender.org/
Blender正在进行重大升级，很快将正式发布2.80。
请注意，
为了将在Pymol中显示的\\" stick \\"导入Blender，必须有一个较旧的2.79版本。
我从2.80开始学习该操作，因此我先从2.79导入它，然后使用2.80对其进行编辑。
PDB文件的Pymol绘图
我将下载流行的PD-1的数据。 (http://www.rcsb.org/structure/6RPG)
我搜索并选择了最近上传的一个。
打开
Pymol并通过选择文件→打开来打开下载的PDB文件。
用H –擦除所有
全部擦除后，显示6rpg S –Surface。
酷???。同样，在H –一切之后，S –卡通之后，C –ss将执行此操作。
这次，仅显示表面后，在命令行上使用set surface_quality，1调整图像质量。
使用文件→创建一个wrl文件→将图像另存为VRML2。
如上所述，即使您在将wrl文件显示为S后创建了wrl文件，也请在此处粘贴
在Blender 2.80中，导入时将发生错误。如果要用棍子进口，请使用2.79。
(我花了3天的时间注意到了这一点)
至于表面和卡通，我可以直接使用2.80。
在我的情况下，我用Pymol制造了另一种肽。我正在使用一个生成器来创建它。
参考https://pymolwiki.org/index.php/Builder
从刚刚创建的肽导出的wrl文件与从PDB下载的文件不同
不包含3D位置信息。例如，如果要创建底物与酶结合的形状，
看来有必要单独进行位置信息的模拟。
导入blender并处理
打开Blender 2.80并使用x删除第一个对象。
File-> Import-> X3D可扩展3D来导入wrl文件。
将打开一个巨大的网格物体，因此请使用s将其减小为适当的大小并调整其位置。
如您所见，它仍然很疯狂。
通常，细分曲面在修改器中用于平滑网格，但是
它不适用于从PDB中删除的文件。这将是一个神秘的地方。也很重..
由于反复研究各种操作，我通过修改修饰符来解决它。
深度8，模式：平滑，如您所见，检查阴影是否平滑。
之后，您将进行自己喜欢的处理。
单击网格以添加新材料。基色为紫色，粗糙度为0.3。
在3d视图中打开阴影，您将很快拥有一个新的(怪异的？)模型。
这次，我尝试如下所示进行处理。
- 向上移动位置并添加平面网格(创建地板)
- 通过安装约3个区域灯来调节亮度
- 将点光源放置在对象中心附近以调整颜色和亮度
- 渲染→检查其中的"羽状"，"屏幕空间反射"和"折射"
- 调整相机位置并渲染(F12)
这是完成的！
概要
花了很长时间，因为我没有注意到remesh和Blender的其他版本。
除了安装系统，这些过程可以在大约20分钟内完成。
开头提到的大多数图像都应该可以这种方式创建。
此后，似乎很难通过模拟来创建包含位置信息的PDB文件。
科学插画的乐趣！
参考
http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/supracryst/suzuki/jpxtal/Katsutani/index.php
https://pymolwiki.org/index.php/2._Translucent_Surfaces