手把手式介绍 ADNI 影像数据下载


1.搜索

1.1登录

打开ADNI的官网:http://adni.loni.usc.edu/,进入下面的界面。
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点击 DATA&SMPLES 下的 ACCESS DATA AND SAMPLES,如下图。
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页面跳转以后点击中间的“LOGIN”,这时会跳出一个新的界面,然后在右上角输入自己的帐号、密码即可。如果没有权限可以跳转到第2部分看看如何申请权限。
登录以后选择DOWNLOAD下的 Image Collections就是搜索下载影像数据,其他还有一些学习测试数据和遗传数据。
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1.2 search

search主要用于搜索某一个subject,比如当你知道某个subject ID的时候,使用search是一种快速得到该个体所有影像的方法。或者还可以根据其他选项,达到更精确搜索的目的。比如某个subject有多次随访的MRI,可以再选择Age在哪个范围,这样就可以锁定某一次随访的MRI。通常笔者都是因为解压缩损坏或其他原因导致数据集中缺少某一张MRI才使用此功能。
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1.3 Advanced search

一般当我们第一次使用ADNI数据集的时候都采用这种方式进行数据的选择,这里提供的选项也非常多。
首先我们可以在左侧的搜索选项中选择你要使用的属性,之后在右面就会出现对应的一栏供你确定该属性。

Project/Phase:该属性是根据受试者所属项目计划来选择个体。如ADNI、ABIL,ADNI又有ADNI-1等。该属性不能取消。

Subject:该属性的选择其实就包含了之前介绍的search中的部分。

Subject Specific Information:该属性是根据受试者APOE的基因突变来选择个体。

Assessments:该属性是根据临床信息中的简易智力状态检查量表(MMSE)等诊断表/调查表来选择个体。
Study/Visit:该属性是根据随访日期来选择个体。

Image&Imaging Protocol:这两个属性都是根据影像的类型、影像的参数来选择个体。如你是下下载MRI还是PET或fMRI都要在image里选择, 选择了AND就是只显示两种或多种模态影像都有的个体。要下载T1加权还是T2加权则在Imaging Protocol中进行选则约束。

还有一个属性 Image Processing ,只有在影像类型中选择了 Pre-processed 或 Post-processed,才可以根据该属性进行受试者的选择。该属性可以根据解剖结构、配准空间等来选择个体,但是实测该属性下一旦进行了选择约束并不能得到几张MRI。
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1.4 Advanced search results

在选择好你想要个体或影像的参数以后,点击 search,就会跳转到 Advanced search results 这个结果界面。该界面默认是以subject ID进行排序显示,每个subject下按时间显示不同影像数据。在每一条影像数据中点击VIEW可以在页面查看该影像,不用下载。
到了这一步,可以点击每一个影像Select列下的小方框来勾选,也可以勾选右上角的Select All 来直接全部选择。如果一个个去勾选相比非常麻烦,这也是为什么要在上面进行参数选择的原因。当你已经用很多选项来约束以后,我们可以直接选择全部影像,然后Add To Collection。
当然,不要以为Add以后就没事了,ADNI这一套下载模式,好在这里也坏在这里。Add以后会跳转到Data Collections 而不是已经在下载。这样的好处在于以后你再下载和补充不用再去搜索,或者忘记自己当时选了什么属性参数,坏处在于麻烦的很。噢,对了,在Add To Collection以后会有个弹窗,你要输入这个Collections的名称,第一个是选择已有的,第二个是新建。
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1.5 Data Collections

终于将我们需要的数据都搜集在一起,那么这一步就是下载了。在Data Collections中选择你想下载的Collections,然后在这个Collections中选择你想下砸的影像,或者点击All。然后可以看到下图右上角红色框中的1-CLICK DOWNLOAD 和 ADVANCED DOWNLOAD 两个选项就亮了。
1-CLICK DOWNLOAD:顾名思义,一键下载,直接所有选择的数据一个压缩包下载下来。好处在于下载完以后不用再去合并,坏处在于没有哪次能不断的。断了就gg。(尽管如此笔者一般还是一键搞定)
ADVANCED DOWNLOAD:可以选择分多少个压缩包来下载,一般会提供1,5,10这样的。

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终于下载上数据了,不过你以为这就万事大吉了?看下图。在你点击了下载压缩包以后,一定还要记得点击Download Metadata,不然你就没有临床信息了。。。不过metadata数据下载下来都是按个体保存的XML文件,很是麻烦,而且往往一个个体、一次随访给你好几个xml文件。这里我的经验是那个没在以subject ID命名的文件夹中的、名字很长的那个xml文件才是包含所有临床信息的文件。
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笔者随便打开一个xml文件来看一下,可以看到里面有性别、年龄、MMSE等都有。这时只要再写个代码读取一下放到csv中就可以了。
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2.权限申请

先吃饭了,不写了。