Microbiome杂志和主编介绍


Microbiome

https://microbiomejournal.biomedcentral.com

Microbiome位于BioMed Central旗下开放获取期刊，一审平均时间62天，接收平均122天，接收到出版平均19天。投稿难易程度为偏难，一般至少2位评审人，主编为Jacques Ravel和Elizabeth Wellington。影响因子创刊后首次即9.000，目前10.465。版面费为￡1870(英镑)、或$2790（美元，近2万人民币）、或€2290（欧元）。目前新增两本子姊妹刊《Animal Microbiome》，《Environmental Microbiome》也会有不错的表现，值得关注(小编估计将来至少在6分以上)。

办刊宗旨

https://microbiomejournal.biomedcentral.com/about

Aims and scope

Microbiome (微生物组)杂志的核心目的是联合环境、农业和生物医学领域进行微生物组研究的研究人员。

广泛讨论微生物群落研究的主题，如微生物调查、生物信息学、宏组学方法和群落/宿主相互作用模型等将被优先考虑出版。通过这一系列的文献，Microbiome 希望将研究人员与微生物生态学中广泛的分支学科的共同科学目标结合起来。

Microbiome 作者的附加说明

生物名称：细菌名称应根据美国微生物学会和细菌学杂志的指南编写。基本上，所有微生物类群（界、门、类、目、科、属、种和亚种）的名称应在手稿和图片中斜体显示。不要将菌株名称或数字倾斜。

开放获取

Open access

Microbiome发表的所有文章是永久在线免费获取，没有订阅和注册的障碍。

发表文章的版权由作者所有。

文章处理费用(APC)

Article-processing charges

开放存取出版并非没有成本。因此，Microbiome 对每篇接受发表的文章征收 1870.00英镑 / 2790.00美元 / 2290.00欧元的文章处理费，加上适用的增值税(VAT)或地方税。

如果相应作者的机构参与我们的开放存取会员计划，则可能会涵盖部分或全部出版费用（会员页面上提供更多详细信息）。我们经常免除低收入国家作者的费用。对于其他国家，文章处理费用减免或折扣是根据具体情况向资金不足的作者授予的。作者可以在提交过程中申请豁免或折扣。有关详细信息，请参阅我们的文章处理费用页面 https://www.biomedcentral.com/getpublished/article-processing-charges 。

BMC提供免费的开放获取资金支持服务，帮助作者发现和申请文章处理费用资金。访问我们的OA资金和政策支持页面，查看我们为APC提供资金的研究资助者和机构列表，并了解有关我们的电子邮件支持服务的更多信息。

会员：https://www.biomedcentral.com/about/institutional-support/membership

中国地区有5个单位已加入，包括：军事医学科学院、中国科学院、中国农科院、中国疾控中心、北科生物。以上单位投稿及接收后发表文章时请注明，可能文章处理费用会有一定优惠。

索引/收录情况

Indexing services

  • BIOSIS

  • Current Contents

  • DOAJ

  • Embase

  • MEDLINE

  • PubMed

  • PubMed Central

  • Science Citations Index Expanded

同行评审政策

Peer-review policy

同行评审是用于在稿件发表之前评估其质量的系统。相关研究领域的独立研究人员评估提交稿件的原创性、有效性和重要性，以帮助编辑确定稿件是否应在其期刊上发表。阅读有关同行评审过程的更多信息详见 https://www.biomedcentral.com/getpublished/peer-review-process 。

同行评审流程图

由Jacques Ravel和Liz Wellington编辑，Microbiome由专家编辑委员会支持 http://microbiomejournal.biomedcentral.com/about/editorial-board 。国内的编委有上海交大的赵立平、香港大学的张彤、碳云智能的王俊(网站还标着华大基因)等。

Microbiome运行一个封闭的同行评审系统。稿件最初由期刊的编辑团队（编辑主编，高级编辑和副编辑）进行筛选，并将合适的稿件发送给至少两位评审员以供考虑。将根据审稿人的建议做出决定，但最终决定权归编辑团队所有。

通过登录提交系统，作者将能够在同行评审过程的任何时刻检查其稿件的进度。

引用Microbiome中的文章

Citing articles in Microbiome

Microbiome中的文章应与传统期刊中的文章一样引用。由于没有打印文章，因此没有页码; 相反，他们会得到一个唯一的文章编号。

文章引用遵循以下格式：

作者：标题. 杂志名 [年]，[卷号]：[文章编号]。

Authors: Title. Microbiome [year], [volume number]:[article number].

e.g. Roberts LD, Hassall DG, Winegar DA, Haselden JN, Nicholls AW, Griffin JL: Increased hepatic oxidative metabolism distinguishes the action of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor delta from Peroxisome Proliferator-Activated Receptor gamma in the Ob/Ob mouse. Microbiome 2009, 1:115.

指的是该期刊第1卷的第115条。

上诉和投诉

Appeals and complaints

如果您希望就拒绝或投诉提出申诉，您应首先联系编辑，编辑将提供期刊投诉程序的详细信息。对于无法通过编辑解决的投诉，作者应联系发布者。

为什么要在Microbiome中发表您的文章

Why publish your article in Microbiome

较高的知名度

Microbiome的开放获取政策允许最大限度地查看期刊上发表的文章，因为它们可供广大的全球受众使用。

出版速度

Microbiome提供快速的出版时间表，同时保持严格的同行评审; 所有文章必须在线提交，同行评审完全以电子方式进行管理（文章以PDF格式分发，这是从提交的文件中自动生成的）。文章将在完全引用后以完全可浏览的网络形式和格式化PDF格式发布。

灵活性

Microbiome中的在线出版物为您提供了发布大型数据集，大量彩色插图和动态图片的机会，以可以由其他软件包直接读取的形式显示数据，以便读者可以自己操作数据，以及创建所有相关链接（例如，PubMed，序列和其他数据库，以及其他文章）。

宣传和新闻报道

发表在Microbiome上的文章包含在文章提醒和常规电子邮件更新中。有些可能会在Microbiome的页面和BioMed Central主页上突出显示。

此外，可以通过向一般或科学出版社发布的新闻稿宣传在微生物组中发表的文章。这些活动增加了Microbiome发表的文章的曝光率和访问次数。最近由BioMed Central出版的期刊新闻发布的文章列表可在此处获取。

版权

作为发表在Microbiome上的文章的作者，您保留了文章的版权，您可以自由复制和传播您的作品（有关详细信息，请参阅BioMed Central许可协议）。

主编Jacques Ravel

https://www.medschool.umaryland.edu/profiles/Ravel-Jacques/

杰克斯?拉威尔（Jacques Ravel），现为美国巴尔的摩市马里兰大学医学院基因科学中心副主任(Associate Director, Institute for Genome Sciences)、微生物免疫学(Microbiology and Immunology)教授，美国国立卫生研究院性传播疾病研究中心副主任。马里兰大学环境分子微生物学博士、约翰霍普金斯大学博士后从事微生物自然产物研究。

之前工作于罗克维尔市(Rockville，马里兰中部)的TIGR研究所(第一个测序细菌基因组的地方)当助理研究员，曾被选为American Academy of Microbiology(2012-2015)，Blaise Pascal International Research Chair。同时是Microbiome主编、mBio副主编。邮箱：
[email protected]

教育和工作经历

  • B.Sc., 1990, Biology and Chemistry, University of Nancy I, France

  • M.Sc., 1992, Microbiology, University of Nancy I, France

  • Ph.D., 1994-99, Microbial Ecology, University of Maryland at College Park (Dr. Russell Hill, advisor)

  • Post-doctoral fellow, 1999-2002, The Johns Hopkins University, Chemistry Department (Dr. Craig Townsend)

  • Assistant Investigator, 2002-2007, The Institute for Genomic Research (TIGR), Rockville, MD

  • Associate Professor, 2007-2012, Dept. Microbiology and Immunology, University of Maryland School of Medicine

  • Professor, 2012-present, Dept. Microbiology and Immunology, University of Maryland School of Medicine

  • Associate Director for Genomics, 2010-present, Institute for Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine

代表性工作

Jacques Ravel教授目前已经发表文章177篇，其中包括Nature、Nature Biotechnology、Nature Chemical Biology、Science、Science Translational Medicine、Microbiome、PNAS、Annual Review of Microbiology等杂志。

主要代表工作如下：

Bradford LL, Ravel J. 2016. The vaginal mycobiome: a poorly understood contributor to women’s health and diseases. Virulence. 2016 Sep 22:0.

Robinson CK, Brotman RM, Ravel J. Intricacies of assessing the human microbiome in epidemiologic studies. Annals of Epidemiology. 2016 26(5):311-21.

Ravel J, Brotman RM. 2016. Translating the vaginal microbiome: gaps and challenges. Genome Medicine. 8:35.

Smith SB, Ravel J. 2016. The vaginal microbiota, host defense and reproductive physiology. Journal of Physiology. DOI: 10.1113/JP271694.

Marchesi JR, Ravel J. 2015. The vocabulary of microbiome research: a proposal. Microbiome 3:31.

  • 此文详见公众号推送《Microbiome：微生物组名词定义》

Nunn KL, Wang Y-Y, Harit D, Humphrys MS, Ma B, Cone R, Ravel J, Lai SK. 2015 Enhanced Trapping of HIV-1 by Human Cervicovaginal Mucus Is Associated with Lactobacillus crispatus-Dominant Microbiota. mBio. 6(5):e01084-15

实验室简介

实验室主页，研究方向为阴道微生物组在女性健康中的作用 http://ravel-lab.org/

研究方向有7个，介绍的比较详细：

  • VAGINAL SYSTEMS BIOLOGY

  • VAGINAL MICROBIOME AND PRETERM BIRTH

  • VAGINAL PHAGE

  • EPSTI

  • MICROBIOME-PATHOGENS INTERACTIONS

  • SPECIATEIT: 16S RRNA GENE CLASSIFIER

  • YOUR PRIVATE BIOME

人员信息并不完整，很多人连照片都没有。

发表文章很多，但只更新到2016年。

资源栏目有两个关于其在科学转化医学阴道微生物组动态研究的视频介绍 。

最后一项是微生物分析服务，提供16S/ITS，宏基因组，宏转录组分析。想发这个杂志的，可以试试。

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学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

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