绘制多维韦恩图和UpSetPlot图
韦恩图简介
韦恩图(Venn plot),又称文氏图,是英国的哲学家和数学家约翰·维恩(John Venn)在1881年发明的,主要是用于展示在不同的事物群组(集合)之间的数学或逻辑联系,尤其适合用来表示集合(或)类之间的“大致关系”,它也常常被用来帮助推导(或理解推导过程)关于集合运算(或类运算)的一些规律。在我们常用的领域,简单来说就是多个集合之间取交集。
制作venn图的方法
绘制韦恩图有很多方式,R,Python,Perl等,这里主要是用R来展示;在R语言中,绘制venn图有很多包可以实现:Venn, Vennplot, VennDiagram, VennDetail, ggvenn,gplots等。
此文主要展示一下用VennDiagram包绘制高纬度的韦恩图。
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 | rm(list = ls()) #加载R包 library(VennDiagram) ##VennDiagram输入数据的格式是2~5个向量组成的list #创建5个小学字母组成的随机向量 set.seed(727) V1 <- sample(letters,size = 20) V2 <- sample(letters,size = 20) V3 <- sample(letters,size = 20) V4 <- sample(letters,size = 20) V5 <- sample(letters,size = 20) #绘图 venn.diagram(x=list(GUO=V1, FU=V2, YA=V3, SE=V4, WANG=V5), filename = 'test_venn.tiff') |
这样一个简单的GUOFUYASEWANG(国服亚瑟王)的韦恩图就画出来,通过参数给他加点颜色,美观一下。
1 2 3 4 5 6 7 8 | venn.diagram(x=list(GUO=V1, FU=V2, YA=V3, SE=V4, WANG=V5), fill=c('red','yellow','blue','grey','green'),#填充一下配色 margin = 0.05,#设置一下间距 filename = './test_venn2.tiff') |
增加配色之后好看了不少。
网站绘制韦恩图
除了用R绘制韦恩图,还可以用网站实现。http://www.interactivenn.net/可以绘制2-6维的韦恩图,不需要学会R也能绘制韦恩图。同学们可以自行探索。
绘制UpSetPlot图
有时候自己需要取交集的数据集太多,韦恩图满足不了,可以采用UpSetplot,它可以将交集数目通过柱状图的方式呈现。以UpSetR包里的movies文件做示例:
1 2 3 4 5 6 7 8 | rm(list = ls()) #加载R包 library(UpSetR) #载入movies数据集 movies <- read.csv( system.file("extdata", "movies.csv", package = "UpSetR"), header=TRUE, sep=";" ) #查看一下movie数据集 view(movies) dim(movies) |
这是一个3883行,21列的数据集,包含了1995上映的电影具体情况(如Action是否是运动电影,0表示不是运动电影,1表示是运动电影,以此类推)
1 2 3 4 | #简单绘制UpSetplot upset(movies, nsets = 7, #绘制的集合数目 mb.ratio = c(0.5, 0.5)#调整上下两部分的比例 order.by = c("freq"))#为按频率排序 |
该图中黑色表示该位置有数据,灰色的点表示没有,不同点连线表示存在交集, 不同柱状图表示不同的数目
Hoang的简书地址:https://www.jianshu.com/u/1fd4ff43abdc