常用TCGA数据下载及分析网站


TCGA是个大宝库,有很多方便下载分析TCGA某一癌症RNA表达数据的网站,部分能直接出图(这些网站还有其他的功能,比如上传分析自己的数据)。这里给大家汇总一下(持续更新中),欢迎留言分享:

1、TCGA官网GDC
https://portal.gdc.cancer.gov/

2、cbioportal
https://www.cbioportal.org/

3、xena
[https://xenabrowser.net/datapages/?cohort=TCGA%20Pan-Cancer%20(PANCAN)&removeHub=https%3A%2F%2Fxena.treehouse.gi.ucsc.edu%3A443]

4、GEPIA
http://gepia2.cancer-pku.cn/

5、firebrowse
http://firebrowse.org/

6、The human protein atlas
https://www.proteinatlas.org/

当然,能从下载数据到分析出图一条龙的TCGA R包也不少,有时间再汇总